Krupajsko vrelo nalazi se u istočnoj Srbiji, u zapadnom podnožju planine Beljanice, sa desne strane Krupajske reke. Smešteno je između sela Milanovaci Krupaja, oko 35 km od Žagubice.
Milanovac je naselje u opštini Žagubica, u Braničevskom okrugu. Naselje se prostire na nadmorkoj visini od 464 metara. U Milanovcu reka Krupaja pravi veliki luk, stvarajući granični pojas na seoskim domaćinstvima i njivama. Deo sela nalazi se na ravnom terenu, dok je drugi deo smešten uz seoske puteve, po okolnim brežuljicima. Dva kilometra od centra Milanovca počinje put koji vodi do Krupajskog vrela.
Krupajsko vrelo spada u grupu kraških vrela. Temperatura vode kreće se od 9 do 11 stepeni celzijusa. Na vrelu je 1945 . godine izgrađena brana, koja je promenila njegov prvobitni izgled. Prva brana bila je izgrađena od drveta. Nju je voda srušila, pa je nakon toga podignuta brana od čvrstog materijala. Voda se prvobitno koristila za pokretanje monovlačare za sukno, a kasnije su na njenom mestu izgrađeni mlin i hidrocentrala.
Krupajsko vrelo je mesto na kome nastaje Krupajska reka. Ona se kasnije uliva kod Krepoljina u reku Mlavu kao njena leva pritoka. Vrelo je pri dnu amfiteatralnog oblika strmih, mestimično vertikalnih strana. Protok vrela dužine je 435 metara. Najpre otiče prema severu na dužini od 130 metara, a potom skreće prema zapadu i nakon 300 metara se uliva u Krupajsku reku. Izgradnja brane uticala je na to da vrelo danas ima oblik izduženog jezerceta dužine 40 metara i širine 17 metara. Poreklo vode Krupajskog vrela nije poznato, jer ni jedan aktivni potok ne puni vodu Krupajskog vrela. Providnost vode iznosi od jednog metra pa do maksimalnih 5 – 6 metara.
Dugo godina je Krupajsko vrelo bilo istraženo do maksimalne dubine od 18 metara. Pre izgradnje brane voda je isticala iz pećine. Danas se vidi samo deo otvora pećine, a prvobitni izvor je potopljen. Speleoronilačkim istraživanjim iz 1998 . godine, utvrđeno je postojanje preko 70 metara dubokog inverznog kraka pećinskog sifona, kojim vode vrela dospevaju iz krečnjačkog masiva Beljanice. Jedno istraživanje pokazalo je da bi vrelo moglo biti duboko čak 123 metara. Trenutno se vrše pripreme za nastavak istraživanja.
Hidrološki režim vrela i njegova izdašnost nisu dovoljno ispitani. Poput većine kraških vrela, ovo vrelo se odlikuje velikim promenama izdašnosti u toku jedne godine. Kod zgrade mlina nalazi se betonska česma sa pet metalnih cevi. Kroz njih protiče voda temperature 26 stepeni celzijusa i izdašnosti 6 do 40 litara u sekundi. Izvor je kaptiran i podzemnim putem je sproveden do česme. U blizini česme nalazi se i drugi termalni izvor. On ima oblik minijaturnog vodoskoka.
Poseta Krupajskom vrelu svakako treba da se spoji sa obilaskom i drugih znamenitosti ovog kraja. A njih ima na pretek.
Put koji vodi prema Krupajskom vrelu prolazi pokraj manastira Manasija. Ovaj srednjevekovni manastir podigao je srpski despot Stefan Lazarević, u periodu od 1407 . do 1418 . godine. Manastirsku crkvu okružuju masivne zidine sa 11 kula, od kojih je najveća Despotova kula. U manastiru Manasija nalazila se čuvena Resavska škola. Ovde se nalaze mošti svetog despota, kanonizovanog pod imenom Stevan Visoki.
Nedaleko od Despotovca nalazi se još jedan poznati manastir. Reč je o Ravanici, zadužbini kneza Lazara Hrebeljanovića. Ravanica je izgrađena u periodu od 1375 . do 1377 . godine. Ovo je jedan od najlepših primera moravkog stila gradnje. U manastiru se nalaze mošti kneza Lazara.
Na putu do Ravanice nalazi se Senjski rudnik, najstariji aktivni rudnik mrkog uglja u Srbiji, kao i najstarije rudarsko naselje u Srbiji. Senjski rudnik je posebna atrakcija ovog kraja. Poseduje Muzej ugljarstva, a 1983 . godine je, sajedno sa neposrednom okolinom, proglašen za spomenik kulture od velike važnosti za Republiku Srbiju.
U blizini Krupaje nalazi se i čuvena Resavska pećina. Ovo čudo prirode privlači veliki broj posetilaca. Resavska pećina poznata je po dvoranama u kojima se nalaze figure veoma interesantnih oblika. Simbol Resavske pećine je figura Majka sa detetom.
Na putu do Resavske pećine jedno odvajanje vodi ka još jednoj prirodnoj znamenitosti ovog kraja. To je vodopad Veliki Buk u Lisinama, nedaleko od sela Strmosten. Ovo je najposećeniji vodopad u Srbiji, za koji se dugo smatralo i da je najviši.
Krupajsko vrelo sa okolinom predstavlja zaštićeni spomenik prirode od nacionalnog značaja, na prostoru od 9 hektara. Šira okolina ispunjena je velikim brojem znamenitosti, prirodnih i kulturno – istorijskih. Brojna znamenja kraja uvek su praćena raznim legendama i pričama. Sve to homoljski kraj čini jednim od najlepšim u Srbiji.